El siguiente paso a dar por esta unidad ecológica perfecta es el comienzo temprano del amamantamiento para asegurar la protección óptima del neonato: la leche contiene numerosos sistemas defensivos para controlar la exposición microbiana del lactante. Y así, la leche ofrece miles de
pequeñas estructuras hidrocarbonadas que son análogos a estructuras mucosas a las que deben adherirse bacterias como el estreptococo o el enterococo, para causar enfermedad. Estas estructuras son capaces de bloquear la adhesión microbiana a las mucosas evitando así las infecciones con puerta de entrada por mucosas, sean respiratorias, gastrointestinales o urinarias.
El anticuerpo principal en la leche humana, la IgA secretoria (IgAs) es producida en
grandes cantidades en todas las glándulas mucosas, especialmente en la glándula mamaria y están principalmente dirigidas contra todo microorganismo que haya tenido contacto con las mucosas maternas, en cualquier momento de su vida, tanto respiratoria cómo gastrointestinal o de vías urinarias. La presencia de microorganismos en las mucosas maternas, sea respiratoria o gastrointestinal, inducen la producción de IgA secretora (IgAs), no sólo en dichas superficies mucosas sino en sus glándulas mamarias y en estas, en grandes cantidades. De hecho, tras la exposición materna a microorganismos en la luz intestinal, los linfocitos emigran a la glándula mamaria materna, donde producen anticuerpos IgAs que aparecen en su leche y son capaces de ofrecer al bebé una defensa eficaz y de amplio espectro. La leche de la madre contiene grandes cantidades de IgA secretora contra todos los microbios con los que la madre ha tenido contacto a lo largo de toda su vida, incluyendo los que encuentra en el paritorio y en la maternidad, pero especialmente aquellos que lleva en la boca, el tracto gastrointestinal y las vías urinarias bajas.
De nuevo, queda patente que el neonato colonizado inicialmente por microorganismos maternos está bien protegido: forman una unidad ecológica perfecta ya que es muy probable que los niveles de IgA secretora en su leche sean más elevados frente a los microorganismos con los que se encuentra la madre a partir del parto. Además , el amamantamiento favorece el crecimiento de bacterias anaeróbicas inócuas en el intestino infantil. Estos microbios suprimirán el crecimiento de otras bacterias potencialmente patógenas.